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O diagnóstico histoquímico de micobacterioses, através da visualização de bacilos álcool-ácido resistentes (BAAR), em esfregaços corados mediante a técnica de Ziehl-Neelsen, a partir de amostras de tecidos, é considerada como uma boa técnica de diagnóstico presuntivo. Neste estudo pretendeu-se avaliar a frequência de visualização de BAAR em rim e gânglios linfáticos mesentéricos com lesões granulomatosas em veados (Cervus elaphus) e javalis (Sus scrofa). Os esfregaços de cada órgão foram efectuados sobre uma lâmina de vidro e as preparações foram coradas de acordo com o método de Ziehl-Neelsen. Dos 91 esfregaços de gânglios mesentéricos analisados, 46 (50,5%) mostraram BAAR compatíveis, sendo classificados como positivos. Vinte e dois esfregaços de rim dos 25 analisados (88%) apresentaram BAAR. Dos 25 animais, em que foram observados simultaneamente esfregaços de gânglios mesentéricos e rim, 15 (60%) apresentaram resultados coincidentes. Em javalis, a frequência de esfregaços, classificados como positivos, foi de 76,2% (32/42) e em veados de 48,6% (36/74). Neste estudo, o rim revelou-se o órgão com maior frequência de visualização de BAAR, e o javali como a espécie animal que apresentou maior percentagem de resultados positivos.