Otimização da extração de DNA a partir de cladódios de Opuntia spp.

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Raimundo, Joana
Reis, C.M.G.
Ribeiro, M.M.A.

Associação Portuguesa de Horticultura

Raimundo J, Reis C M G e Ribeiro M M. 2017. Otimização da extração de DNA a partir de cladódios de Opuntia spp. 1º Congresso Luso-Brasileiro de Horticultura, ISCTE, Lisboa, Portugal.

Otimização da extração de DNA a partir de cladódios de Opuntia spp.

CTAB
Figueira-da-índia
Extracção de DNA
Polissacarídeos
Viscosidade

Financiamento FCT: Centro de Estudos Florestais (UID/AGR/00239/2013) e CERNAS-IPCB (UID/AMB/00681/2013)

2017-11-30T19:27:32Z
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2017

Existe um interesse crescente pelas espécies do género Opuntia spp. devido à sua rusticidade e às várias possibilidades de utilização económica que estas representam, nomeadamente na produção de fruto, forragem e nas indústrias farmacêutica e cosmética. A caracterização da diversidade genética por marcadores moleculares bem como a avaliação de germoplasma é importante no melhoramento de plantas e no desenvolvimento de novas cultivares. As plantas do género Opuntia spp. caraterizam-se por conter muitos polissacarídeos e metabolitos secundários que interferem na obtenção de DNA de alta qualidade. Por esta razão, vários métodos descritos na literatura e ‘kits’ comerciais disponíveis são, frequentemente, pouco eficazes na extração de DNA genómico. De modo a contornar este problema, foram testadas várias metodologias de extração de DNA a partir de cladódios de quatro espécies do género Opuntia (O. ficus-indica, O. robusta, O. dillenii e O. elata). Utilizaram-se três ‘kits’ comerciais, três versões modificadas do método padrão de brometo de cetil trimetil amónio (CTAB) e um método, por nós melhorado, que se baseia no método CTAB combinado como ‘mini kit’ comercial Plant DNeasy® (Qiagen). O protocolo combinado, permite a rápida extração de quantidades razoáveis de DNA genómico de alta qualidade em cladódios de todas as espécies utilizadas, destacando-se a O.dillenii e a O.elata como espécies onde o teor de polissacarídeos e metabolitos secundários é muito elevado. Foram obtidos em O. ficus-indica, O. robusta, O. dillenii e O. elata rendimentos em DNA de 10.5, 12.0, 13.2 e 15.9 μg.g-1 de tecido fresco, respetivamente. Com este protocolo, a pureza, avaliada pela razão A260/A280, foi respectivamente de 1.89, 1.75, 1.67 e 2.01. No entanto, quando utilizado isoladamente, o mini kit Plant DNeasy® permite extrair facilmente DNA de O. ficus-indica e O. robusta com rendimentos de 18.3 e 12.5 μg.g-1 de tecido fresco, respetivamente. Neste caso, a pureza, avaliada pela referida razão, foi de 1.84 e 1.74, respetivamente. A qualidade do DNA extraído foi confirmada pela amplificação de um conjunto de microsatélites nucleares obtidos para o género Opuntia spp. Da análise dos produtos amplificados, por electroforese em gel de agarose e eletroforese capilar em sequenciador, verificaram-se perfis de bandas e eletroferogramas reprodutíveis.
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